GNOME Keyring パッケージを更新したところ、Git 操作で SSH 鍵のパスフレーズを求められるようになった。
1:46 から SSH の機能がデフォルトで無効化された。

ArchWiki に書かれている通り gcr-4 パッケージに含まれる /usr/lib/gcr-ssh-agent を有効化する。

yay -S gcr-4
systemctl enable --user gcr-ssh-agent

後は SSH_AUTH_SOCK 環境変数 に $XDG_RUNTIME_DIR/gcr/ssh を設定する。
VSCode や Emacs を GUI で使っているため .xprofile に設定した。

export SSH_AUTH_SOCK=$XDG_RUNTIME_DIR/gcr/ssh

と設定した。